El pueblo de Puente Viejo, situado en el norte de España, está controlado por la familia de Los Montenegro, perteneciente a la clase burguesa y adinerada española. Esta posición les permite tener control sobre prácticamente todo lo que ocurre en el pueblo, y lo hacen bajo las órdenes y decisiones de su cruel matriarca, Doña Francisca Montenegro.
Doña Francisca es una mujer con carácter frío, oscuro y retorcido. Siempre está preparada para aplastar a todo aquel que se interponga en su camino y a consecuencia de ello, la familia Montenegro está enfrentada con la mayor parte de los habitantes de Puente Viejo. Con el paso de los años y la influencia del amor, Doña Francisca evoluciona y se muestra en ocasiones más humana; sin embargo, siempre quedará en ella la herencia de su apellido y seguirá sin importarle enfrentarse a quien haga falta y renunciar a todo lo necesario con tal de conseguir lo que quiere.
Entramos a formar parte de Puente Viejo con Pepa Aguirre, partera de profesión y antigua empleada de Los Montenegro. Años atrás, Pepa había dado a luz a un niño fruto de una aventura con Carlos Castro, hijastro de Doña Francisca. Sin embargo, desapareció del pueblo durante uno años después de que Carlos le arrebatara a su bebé nada más nacer para entregárselo a su verdadera esposa, quien acababa de sufrir un aborto.
En 1902 Pepa vuelve a Puente Viejo y se cruza en su camino con Tristán Ulloa Montenegro, hijo de Doña Francisca y antiguo combatiente en la Guerra de Cuba. Tristán está casado con Angustias, pero ambos se enamoran apasionadamente y cuando ella muere pueden por fin contraer matrimonio y formar una familia juntos.
Con el tiempo, los secretos de los habitantes de Puente Viejo afloran y aparecen en el pueblo nuevos habitantes que tejerán una interesante, entrañable y apasionada historia llena de misterio, amor e intriga. Con más de 1.000 capítulos y más de 500 actores, El Secreto de Puente Viejo es una telenovela cargada de misterio, amor e historias inolvidables.
A través de El secreto de Puente Viejo se pueden recorrer y recordar los acontecimientos más importantes que sucedieron entre 1896 y 1923, como la Guerra de Cuba, la Revolución Rusa, la Guerra del Rif o la invención del cinematógrafo. Además, los espectadores pueden encontrar también numerosas referencias históricas a personajes destacables, como Sorolla, el Papa Pío XI o Antonio Álvarez Alonso quienes recorrerán los caminos del pueblo de Puente Viejo a medida que la trama se desarrolle.